九华山地质公园南北各有一条形成于加里东旋回早期的深断裂通过。南部为江南（七都—广阳）深断裂，北部为东至—青阳（高坦）深断裂，两断裂均呈北东向往两端延伸，横贯省境，长度300公里以上。其中北部的东至—青阳（高坦）深断裂被九华山岩体所占据，地表直接地质遗迹不甚明显。 江南深断裂：大致沿公园外围东南角的水磨里通过（距鱼龙洞约5公里）。斜贯于我省皖南山区，显露于泾县—石台七都一线，往东与东西向周王断裂交会后，延至江苏溧阳，往西与江西修水—德安深断裂相接，省内长约265公里。该深断裂呈现为海盆隆坳分界的同沉积断裂特征。重磁异常均有不同程度的反映。 据记载于1729年及1774年在该断裂的广阳先后发生了震级5级以上烈度7度的地震，说明近代该断裂仍有活动的迹象。